公司由南京钢铁集团有限公司（以下简称南钢集团）部分改制设立。1999年3月18日，经江苏省人民政府苏政复（1999）23号文批准，南钢集团公司作为主要发起人，联合中国二十冶金建设公司、中冶集团北京钢铁设计研究总院（原冶金工业部北京钢铁设计研究总院）、中国冶金进出口公司江苏公司、江苏冶金物资供销有限公司（原江苏冶金物资供销公司）等四家企业共同发起设立南京钢铁股份有限公司。

其中，南钢集团公司将一烧结厂、二烧结厂、焦化厂、炼铁厂、炼钢厂、棒材厂、中板厂等7个单位的经营性资产投入本公司。